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ICDD&束蘊(yùn)儀器丨探索新冠*藥,我們在行動

更新時(shí)間:2020-07-22點(diǎn)擊次數(shù):1353
衍射數(shù)據(jù)中心(ICDD)解析出一種可用于治療新冠肺炎COVID-19的潛在藥物Atazanavir的晶體結(jié)構(gòu)。

 

隨著新冠病毒的蔓延,*醫(yī)學(xué)研究人員都在努力尋找用于治療新冠肺炎的*藥,Atazanavir(阿扎那韋,C38 H52 N6 O7)是一種能夠有效治療SARS-CoV-2病毒的藥物。相關(guān)研究表明,Atazanavir有可能對抗新冠病毒COVID-19也具有一定的療效。2015年,ICDD-PDF數(shù)據(jù)庫收錄了Atazanavir粉末衍射圖及二維分子式(見PDF No. 00-065-1426),并于2017年修正了該物相的F因子。

 

僅僅知悉藥物的二維分子式,對于研究藥物對抗病毒的機(jī)理,還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠,迫切需要解析Atazanavir的晶體結(jié)構(gòu),來深入研究該藥物對抗新冠病毒的療效顯得尤為重要。近ICDD執(zhí)行主席Thomas Blanton 、PDF數(shù)據(jù)庫編輯Amy Gindhart和其合作者伊利諾伊理工學(xué)院的James Kaduk基于PDF卡片數(shù)據(jù)庫中出版的Atazanavir標(biāo)準(zhǔn)衍射卡片,共同解析出了室溫下Atazanavir的晶體結(jié)構(gòu),為醫(yī)學(xué)工作者研究新冠病毒COVID-19的治療方案提供了巨大的幫助,極大的推進(jìn)了探索Atazanavir治療新冠病毒的可行性。

采用同步輻射的方法,收集了純相的Atazanavir的衍射圖,基于Rietveld精修理論,使用JADE(ICDD-MDI)軟件對其進(jìn)行了指標(biāo)化,Atazanavir屬于單斜晶系,空間群為P21,晶胞參數(shù)為a = 15.331, b = 5.902, c = 21.562 ?, β = 96.3°; 原胞體積為1939.3 ?3

 

采用密度泛函理論(Densityfunctional theory,DFT),對Atazanavir的晶體結(jié)構(gòu)能量計(jì)算進(jìn)而優(yōu)化晶體結(jié)構(gòu),以尋求優(yōu)的晶體結(jié)構(gòu)。同時(shí)結(jié)合Rietveld精修的結(jié)果,對Atazanavir晶體結(jié)構(gòu)進(jìn)行解析。下圖為Rietveld精修和DFT理論優(yōu)化的Atazanavir晶體結(jié)構(gòu)的對比,相關(guān)的均方根約為0.077 。

 

進(jìn)一步,解析出Atazanavir的三維結(jié)構(gòu)如下圖所示:


 

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